대전시는 행정부시장을 단장으로 부동산거래 조사반, 공무원 조사반, 대외협력반으로 나눠 9개부서 16명으로 구성된 특별조사단을 운영한다. 
 
부동산거래 조사반은 도시·개발사업의 부동산거래내역 및 취득세 부과자료 등을 분석하여 투기여부를 파악하고,  공무원 조사반은 투기 의심 공무원조사, 현장확인, 징계, 수사의뢰 등을 담당한다.
 
대외협력반은 언론대응과 대외협력, 홍보업무 등을 맡고, 공익신고센터 운영을 통해 자진신고 및 시민 제보를 받고, 변호사, 시민감사관 등 외부전문가로 법률자문단을 구성·운영하는 등 다양한 창구를 마련한다.

이번 조사는 시 소속 공무원 약 4,000여명을 대상으로 하되, 필요에 따라 배우자와 직계존비속까지 확대하고,  자치구는 자체조사토록 권고했다.
  
조사범위는 총 12개 지역 도시·개발사업에 대하여 구역지정 5년전까지 부동산거래내역을 분석하는 방식으로 진행하여, 공무원이 내부정보를 이용하여 부동산 투기를 하였는지를 집중 조사한다.

부동산투기 특별조사단의 조사 결과에 따라 위법 행위가 확인될 경우, 징계조치를 취하고 부패방지법과 공직자윤리법에 따라 고발조치할 방침이다.