농촌진흥청에서는 국내 농가의 로열티 지급 부담을 줄이기 위하여 산학관연이 협력하여 사업단을 구성하는 등 적극적으로 로열티 대응 연구를 수행한 결과 연도별 약 10~20%씩 로열티 지불추정액이 감소하고 있다고 밝혔다. 

2002년 국제식물신품종보호동맹(UPOV)가입으로 로열티 지불 의무가 2012년부터 모든 작물로 확대됨에 따라, 농촌진흥청에서는 2006년부터 로열티 지급비율이 높은 딸기, 장미를 시작으로 2007년 국화, 2008년 난, 참다래 2009년 버섯 등 6작목을 대상으로 로열티 대응 품종 개발을 추진했다.

이 결과 장미, 딸기 등 12개 작목에 대한 연간 로열티 지불금액이 2012년 176억 원에서 2014년 136억 원으로 감소하는 것으로 추정된다고 밝혔다. 

로열티 대응을 위해 화훼, 과수, 버섯 등을 중심으로 2007년 이후 423품종을 개발하여 농가에 보급 중이며 이를 통한 로열티 절감은 2007년 4.7억 원을 시작으로 2014년 77억 원으로 증가하였고 지난 8년간 311억 원을 절감했다.

특히 딸기의 경우 로열티 대응 연구 이전에는 대부분 일본 품종에 의존해 왔으나 2007년 34.6%에서 2014년 86%까지 국산 품종으로 대체했고, 장미의 국산 품종 사용비율은 2007년 4.4%에서 2014년 29%까지 높였다.

또한 농촌진흥청은 국산 품종 대체에만 머물지 않고 해외 로열티 기반확보와 국내 육성품종의 불법유출에 대비하기 위해 딸기, 국화 등 우수 신품종을 국외에서 품종보호출원과 적응성 시험을 추진하고 있다. 

지금까지 일본 등 4개 나라에 국화, 장미 등 114품종을 출원해 42품종을 등록했으며, 2009년 이후 딸기, 옥수수 등 11개국에 8작목 51품종에 대해 국외 적응시험을 추진했다.

농촌진흥청 이진모 연구정책국장은 “국경 없는 종자시장에서 신속한 대응으로 경쟁우위를 확보하기 위해서는 민간육종의 성숙을 유도하고 국제시장에 적합한 우량품종의 개발을 촉진하여 품종 보호 제도를 활용한 종자 수출 경쟁의 우위선점에 나설 수 있어야 한다.”라고 했다.